生物药与序列

生物药与序列 MCP 是生物序列与大分子智能平台，涵盖抗体-抗原交互发现、序列全生命周期检索、序列获取与比对以及修饰状态分析。它可以帮助 AI 助手搜索抗体抗原关系、提交序列检索任务、查询任务状态、获取结果、获取序列详情、进行序列比对，并按修饰条件提交修饰序列搜索任务。 覆盖工具： - `antibody_antigen_search`：搜索抗体-抗原关系。 - `sequence_search_submit`：提交序列搜索任务。 - `sequence_search_check_status`：查询序列搜索任务状态。 - `sequence_search_get_results`：获取序列搜索结果。 - `sequence_fetch`：通过序列号批量获取序列详情。 - `sequence_alignment`：执行成对或多序列比对。 - `modification_search_submit`：提交修饰序列搜索任务。

- 当需要查找某个抗原靶点相关抗体、抗体来源或专利关联信息时。 - 当用户提供核酸或蛋白序列，需要在指定数据库中检索相似或相关序列时。 - 当需要提交长任务并分步查询状态与结果时。 - 当需要通过序列号获取序列详情时。 - 当需要做 PSA 成对比对或 MSA 多序列比对时。 - 当需要根据修饰名称、修饰位置、逻辑关系等条件检索修饰序列记录时。

- 使用 `antibody_antigen_search` 时，必须提供 `target_name`，可提供分页和 facet 过滤条件。 - 使用 `sequence_search_submit` 时，必须提供 `sequence_type`、`query_type`、`sequence`，可提供数据库、链方向、修饰、evalue、覆盖度和一致性过滤条件。 - 使用 `sequence_search_check_status` 和 `sequence_search_get_results` 时，必须提供 `job_id`。 - 使用 `sequence_fetch` 时，提供 `sequence_numbers`。 - 使用 `sequence_alignment` 时，提供 `sequence_type`、`alignment_type`、`sequences`；PSA 场景还应提供 `query_sequence`。 - 使用 `modification_search_submit` 时，提供 `sequence_type`、`database` 和 `modification_location`。

- `antibody_antigen_search` 返回抗体抗原关系命中列表、总数和 facet 信息，可能包含来源、专利、重链/轻链序列、靶点名称、靶点物种和相关基因。 - `sequence_search_submit` 和 `modification_search_submit` 返回 `job_id`。 - `sequence_search_check_status` 返回任务状态。 - `sequence_search_get_results` 返回序列搜索命中总数、结果列表和统计 facet，结果可能包含序列号、类型、长度、分数、覆盖度、一致性、修饰和比对片段。 - `sequence_fetch` 返回序列详情，如序列号、长度、类型、物种、序列名称和序列文本。 - `sequence_alignment` 返回 PSA 或 MSA 的比对结果。

1. "搜索 PD-1 相关的抗体抗原记录。" 2. "用这段蛋白序列提交序列搜索任务。" 3. "查询这个 sequence job 的状态。" 4. "获取这个序列搜索任务的前 20 条结果。" 5. "根据这些序列号获取序列详情。" 6. "对这两条蛋白序列做成对比对。" 7. "提交一个包含特定修饰位点的修饰序列搜索任务。"

- 序列检索和修饰检索是长任务，需要 submit、check status、get results 串联调用。 - `job_id` 必须保存并用于后续状态和结果查询。 - `sequence_type`、`query_type`、`alignment_type` 等字段应使用 schema 支持的枚举值。 - PSA 与 MSA 参数要求不同，成对比对通常需要 `query_sequence`。 - 序列、数据库和过滤条件应控制在合理范围，避免任务过大。